El Monasterio de Santa Clara-a-Nova, también conocido como Convento de la Reina Santa Isabel, fue erigido en el siglo XVII en reemplazo del antiguo monasterio medieval de Santa Clara-a-Velha, víctima de las inundaciones periódicas del río Mondego. Era un verdadero monasterio de clausura franciscana y no un simple convento.
Es un importante repositorio de arte portugués de los siglos XIV al XVIII y guarda las reliquias de la Reina Santa Isabel, fundadora del antiguo monasterio.
El convento de Santa Clara de Coímbra fue fundado a principios del siglo XIV. Santa Isabel de Aragón, Reina de Portugal, esposa de Dionisio I de Portugal, fue la principal benefactora de la institución en sus inicios, habiéndolo elegido como lugar de su sepultura.
Las constantes inundaciones que sufría el primitivo monasterio llevaron a la decisión de construir un nuevo edificio para la comunidad de clarisas. De esta manera, las obras del nuevo convento comenzaron en 1649, con el proyecto de João Torriano, fraile benedictino, ingeniero mayor del reino y profesor de matemáticas en la Universidad de Coímbra. Varios edificios conventuales estaban terminados en 1677, cuando se trasladaron las últimas monjas. La iglesia fue terminada y consagrada en 1696.
El gran claustro, construido por el húngaro Carlos Mardel, fue financiado por Juan V de Portugal en 1733.
